別表2　同族判定

全て同族関係者のようですので、以下のように記載すればよいと思います。
仮に子供Ａ～Ｃは長男・次男・三男とします。
順位は全て１
社長・本人
社長の妻・配偶者
子供Ａ・長男
子供Ｂ・次男
子供Ｃ・三男

別表二は、同族会社の判定をする為のものなので、「本人」になるのは、株数の多い人ではないのですか？

同族関係者はまとめて一人といった扱いになりますので、同族会社の判定においては全員が順位１となり、ご質問のケースでは100％同族会社となります。
子供のうち一人を本人としても差し支えありませんが、前述の通り全員が順位１になりますので、100％同族会社となるのは変わりません。
寧ろ、実体として社長を本人とすべきと思います。