返還インボイスの金額差異について

相手方の仕入返還処理は仕入税額の計算となり、原則は交付を受けた返還インボイスに記載された消費税額の積み上げ計算ですが、相手方が売上税額を全て割戻し計算でしている場合は税込価格を割戻し計算することができます。この場合の端数処理は相手方が選択によるものです。
つまり仕入返還処理は相手方の仕入税額計算の問題であって、返還インボイスを交付する側の問題ではありませんから、税抜の返還インボイスでも何ら問題ないと考えられます。
ご記載のようなことを心配されるなら、値引きに限らず全ての取引について相手方の消費税処理と自社の消費税処理を突合しなければいけなくなりますが、現実にはできませんよね。

ご返信ありがとうございます。
仮に相手方が原則の積み上げ計算、帳簿積み上げ計算を採用しており、
消費税の部分ではなく、税抜金額で異なっていた場合でも、相手方から差し替えの依頼がくることはないという認識でいいでしょうか。

税抜値引（返還インボイス）1090　税抜値引　1091（相手方からの明細）

相手方は交付を受けた返還インボイスに基づいて仕入税額の計算をするだけのことです。
差し替えの依頼が来るかどうかは相手方の考えなので私には分かりませんが、仮に来ても謝絶すれば良いだけのことです。