課税対象企業と個人事業主の消費税契約について

①著作権料と一緒に収める消費税は相手企業が請求できる正当なものでしょうか?

→課税取引であれば正当なものです。コンビニ等で消費税を加算されることと何も変わりません。

ならば現在の契約を変えて、消費税は相手企業負担とすることも可能でしょうか?

→消費税は対価を支払う者が支払うものなので不可能です。貴方が他人の税金を払ってくださいと言われたら納得できませんよね？それと同じことです。

②著作権料の支払いにおいて、相手企業に私が消費税を払わない場合は、相手企業は消費税を著作権料から引いて税務申告するのでしょうか?
→消費税は事業者が行った資産の譲渡・貸付や役務の提供に対して課するものと消費税法第4条で規定されています。
つまり課税取引について必ず生じるものであって、支払えば生じて支払わなければ生じないというものではありません。

課税企業←個人事業主との著作権使用料の取引で、消費税は必ず発生するとして、この場合の負担は契約で決めればどちらが払っても良いという事でしょうか?

→2つめに回答済です。

相手企業は私が個人なので消費税分も売り上げにしているという事は無いでしょうか?

→相手が課税事業者とのことなので貴方から受け取った消費税は課税売上に係る消費税として申告納税しているでしょう。していなければ脱税です。

相手から特に請求書もなく、契約書で決められた金額売り上げの40％と消費税10％の合計50％を毎月支払ってます。

→売上の40％＋消費税は50％になりません。例えば売上10万円の40％は4万円、4万円に対する消費税は4千円なので合計4.4万円、10万円に対しては44％です。

この消費税10％を負担するのも大きいので、契約を見直してもらおうかと考えてます。

→契約の見直しを交渉することは自由です。