一括比例配分方式から個別対応方式に変更する2年の間に免税事業者を挟んだ時について
一括比例配分方式から個別対応方式に変更するための期間についての質問です。
令和4年9月期に一括比例配分方式を初めて利用し、令和5年9月期は免税事業者でした。
令和6年9月期はインボイス登録により課税事業者となり、個別対応方式が有利なため変更しました。
こちらについて免税事業者を挟んだとしても一括比例配分方式から個別対応方式に変更することは可能でしょうか。
東京のとある税務署から問い合わせがあり令和6年9月期は一括ではないかと質問がありました。
消費税法第三十条五項を参照してくださいと言われたため改めて確認したところ、「当該方法により計算することとした課税期間の初日から同日以後二年を経過する日までの間に開始する各課税期間において当該方法を継続して適用した後の課税期間でなければ、同項第一号に定める方法により計算することは、できないものとする。」とあります。
二年を経過する日は令和5年9月期で経過しました。継続して適用については、免税事業者は選択自体ができないため適応することの対象外であり、「当該方法を継続して適用した後の課税期間」は通っていると判断しました。
また、法人の課税期間は第十九条二項に事業年度と記載があります。
こちらについて税務署に説明すると免税事業者は免税期間なので課税期間はないと言われ、消費税の計算をしていないのだから課税ではないでしょうと言われました。
消費税法に法人の課税期間は事業年度と書かれていても、免税事業者と課税事業者にわざわざ区別しているのだから免税期間を課税期間とするのは拡大解釈として否定されました。
これについて反論があるなら論破してくださいよ、考え方が浅いのでは?などと高圧的な態度も取られてしまいました。
免税事業者に課税期間はないのでしょうか。
また、この件もあり変更可能かどうかを電話相談センターへ確認したところ変更可能との回答をいただきました。
知り合いの税理士にも確認したところ可能と聞きました。
第三者の目線で一括比例配分方式から免税期間を挟んで個別対応方式に変更可能かどうか判断をしていただきたいです。
変更可能との判断していただけましたら、改めて税務署職員に納得してもらうにはどのように説得をすればいいかご教授いただきたく存じます。
長くなりましたがご検討のほど、どうぞよろしくお願いいたします。
税理士の回答

竹中公剛
当該方法により計算することとした課税期間の初日から同日以後二年を経過する日までの間に開始する各課税期間において当該方法を継続して適用した後の課税期間
との記載から、課税期間は、1/1-12/31までです。
ので、令和7年の1/1から変更できます。
税務署の言う通りだと考えます。
法人で9月決算であり事業年度は10/1〜9/30です。
課税期間は1/1〜12/31ではないはずですがなぜそのようになるのでしょうか。

竹中公剛
令和4年9月期に一括比例配分方式を初めて利用し、令和5年9月期は免税事業者でした。
法人とは記載がありません。個人と考えました。
税務署の方のまちがいです。
もう一度話し合ってください。
ご回答ありがとうございます。
話し合いをしてくれない雰囲気でしたので以下についても準備してから電話したいと考えております。
どのような説明をすれば税務署の担当者は納得してくれると思いますか。
免税事業者は免税期間なので課税期間はないと言われ、消費税の計算をしていないのだから課税ではないでしょうと言われました。
消費税法に法人の課税期間は事業年度と書かれていても、免税事業者と課税事業者にわざわざ区別しているのだから免税期間を課税期間とするのは拡大解釈として否定されました。

竹中公剛
落ち着いて記載を見れば、R5.9月の申告は、比例ですね。その前は免税事業者ですね。比例は1年ですね。消費税の申告を始めてから1回目でひれを選んだのですね。
2年間は、かえれない。
なので、R7.9月では、個別に変えれます。
税務署が正しい。と考えます。

竹中公剛
申し訳ありません。記載ミスです。
落ち着いて記載を見れば、R5.9月の申告は、比例ですね。その前は免税事業者ですね。比例は1年ですね。消費税の申告を始めてから1回目でひれを選んだのですね。
2年間は、かえれない。
なので、R7.10月から、個別に変えれます。
税務署が正しい。と考えます。
本投稿は、2025年01月11日 23時09分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。