消費税課税事業者について

○ 給与所得があり、副業による事業を課税事業者として申告する場合、開業後いつまでが申告の期限なのでしょうか？

個人事業者で新規開業と思いますが、開業年の12月末日まで（厳密には税務署の仕事納めは12月28日ですので12月28日まで、12月28日が休日の場合はその前日までとなり、翌年1月4日とはなりません。）に提出すればその年から課税事業者となります。
既に事業を始めている場合は提出した年の翌年から課税事業者となります。

○ 副業での課税事業所得が赤字の場合、免税事業者同様に損益通算できるのか？

消費税は所得税のように損益通算した所得に対して課税するのではなく、原則として課税資産の譲渡等に係る消費税から課税仕入に係る消費税を差し引いて計算します。つまり利益に対してではなく取引に対しての課税ですので、所得が赤字になったからといって消費税の納付が0になるとは限りません。

○ 副業が２つある場合(不動産及び不動産以外の事業) 、うち１つだけ(不動産以外の事業)を課税事業者申告する事はできるのか？

このような形はできません。給与所得は消費税の対象外ですが、事業所得と不動産所得は消費税の対象となります。但し、不動産所得でも居住用の賃貸収入や土地の貸付は非課税取引となります。

○ 不動産以外の事業において、設備投資により支払った金額のうちの消費税が、事業収入によって受け取った消費税よりも大きい場合、その差額は還付されるのか？

簡易課税制度を選択せず、原則課税であれば還付されます。但し、取得価額が100万円以上の調整対象固定資産である場合は、課税売上割合が著しく変動したときの調整により、3年間にわたって仕入税額控除の調整がされる場合があります。つまり、上記のケースに該当する場合は、還付だけで終わりません、という形になっています。

消費税の理解は少々複雑ですので、この場での回答には限界がありますことをご了承ください。

ご丁寧な回答を頂き、ありがとうございます。
確かに複雑なので、全て理解できてはいないですが、以前よりはだいぶクリアになりました。

内容咀嚼し、必要ならまた質問させてください。
取り急ぎありがとうございました。