リース車を事故廃車した場合の消費税

この場合の消費税はリース会社に支払う金額（リース残債等）は課税仕入、

リースの残債のは、通常消費税はないと考えます。
借入金ですので。
ただ、経費のほうもうでは、課税仕入れもあります。

保険会社から同額の入金があったのですが、こちらは不課税売上でよろしいのでしょうか？


上記が課税売上ですと、保険会社からの入金は課税売上です。

参考にしてください。

消費税法基本通達 5-2-5 損害賠償金








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損害賠償金のうち、心身又は資産につき加えられた損害の発生に伴い受けるものは、資産の譲渡等の対価に該当しないが、例えば、次に掲げる損害賠償金のように、その実質が資産の譲渡等の対価に該当すると認められるものは資産の譲渡等の対価に該当することに留意する。
（1）　損害を受けた棚卸資産等が加害者（加害者に代わって損害賠償金を支払う者を含む。以下5-2-5において同じ。）に引き渡される場合で、当該棚卸資産等がそのまま又は軽微な修理を加えることにより使用できるときに当該加害者から当該棚卸資産等を所有する者が収受する損害賠償金
（2）　無体財産権の侵害を受けた場合に加害者から当該無体財産権の権利者が収受する損害賠償金
（3）　不動産等の明渡しの遅滞により加害者から賃貸人が収受する損害賠償金