個人事業主の消費税の請求について

ご質問者様が受け取る報酬に係る消費税の取扱いが契約上不明確であるという前提で回答します。

ご質問者様からすれば、税抜の売上から計算しているので請求時は消費税を追加請求できる、会社からすれば契約上の報酬は既に消費税を含んでいるという認識の違いによるものでしょう
会社が還付を受けているというのがわかりませんが、支払った報酬に消費税が含まれているものとして仕入税額控除をしているということであれば、上記のように認識しているものと考えられます。

ご質問者様が免税事業者であれば、現在は免税事業者からの仕入（会社が報酬を支払うこと）も仕入税額控除の対象になりますので、会社の対応は間違いではありません。

但し、インボイス制度導入後は、ご質問者様が登録事業者になって適格請求書を発行できなければ会社は仕入税額控除が（段階的に）出来なくなります。
一方で、ご質問者様が登録事業者になれば受け取った消費税は申告納税義務が生じます。

ご質問は契約上の問題であって、税法でどうにかできるというものではないと考えられますから、会社と話し合いで解決するしかないと思います。

ご回答ありがとうございます。

会社側が仕入税額控除をしている点、最終的に話し合いで解決になること、理解致しました。

消費税抜きの歩合報酬(契約)
↓
消費税を請求
↓
免税事業者の権利

と考えておりますが契約で消費税の扱いが不明確な場合、消費税を追加請求しその結果
歩合を下げられる事は了承しなければならないのでしょうか。
(歩合報酬が契約で決まっている為応じなくて良いのではないかと考えております)
交渉が決裂した場合、契約解除になるのでしょうか。

追加のご質問は第三者にはわからないことですし、交渉事について第三者がこうしなければいけない等は言えるものではありません。
契約解除は合意によるのが一般的ですが、契約書上の解除条項がどのように記載されているのかわかりませんので、契約解除になるのかならないのかも回答できません。

追記します。
契約上、歩合報酬が税抜と明記されていれば、免税事業者であることを理由に消費税の請求を拒否できませんが、その記載がなければ相手方はそもそも税込であると主張できるものと考えられます。
通常、商取引での契約ではこういった双方の認識の齟齬を回避するために税込・税抜を明確にするのが一般的ですから、当初の回答をしました。

前田様

再びのご回答誠にありがとうございます。
今回、委託契約を結ぶ際に当初の契約内容などをしっかり明確にするなど、明確にする為に自分に十分な知識が足りなかったことなど、色々と大変勉強になりました。

早急に疑問を解消してくださり、誠にありがとうございました。