同族法人間 不動産売買について

借地をどうするかに拠りますね。移行するのであれば、建物の時価、+、借地権の時価。移行する、しないによって地代も異なります。
実行する際には、事前に税理士の方への相談、リスク、留意点等しっかり確認したうえで実行しないと思わぬ負担が生じるリスクの高い取引となりますので、ご留意ください。

可能ですが、借地権に気をつける必要があります。

No.5730 権利金の認定課税について
[平成29年4月1日現在法令等]

 法人が所有する土地を他人に賃貸し、建物などを建てさせたときには、借地権が設定されたことになります。
 この場合、通常、権利金を収受する慣行があるにもかかわらず権利金を収受しないときは、権利金の認定課税が行われます。
 ただし、次のいずれかに該当する場合には、権利金の認定課税は行われません。

(1) その土地の価額からみて、相当の地代を収受している場合
(2) その借地権の設定等に係る契約書において、将来借地人がその土地を無償で返還することが定められており、かつ、「土地の無償返還に関する届出書」を借地人と連名で遅滞なくその法人の納税地を所轄する税務署長に提出している場合
 上記(2)の場合、実際に収受している地代が相当の地代より少ないときは、その差額に相当する金額を借地人に贈与したものとして取り扱います。
 なお、相当の地代はおおむね3年以下の期間ごとに見直しを行う必要があります。

(法法22、法令137、法基通13－1－1、13－1－2、13－1－7、平元．3直法2－2)

参考： 関連コード

5732 相当の地代及び相当の地代の改訂
 国税に関するご相談は、国税局電話相談センター等で行っていますので、税についての相談窓口をご覧になって、電話相談をご利用ください。
※ 下記の電話番号では、国税に関するご相談は受け付けておりません。

参考にして下さい。

No.5732 相当の地代及び相当の地代の改訂
法人が借地権の設定により他人に土地を使用させる場合、通常、権利金を収受する慣行があるにもかかわらず権利金を収受しないときには、原則として、権利金の認定課税が行われます。
 しかし、権利金の収受に代えて相当の地代を収受しているときは、権利金の認定課税は行われません。
 この場合の相当の地代の額は、原則として、その土地の更地価額のおおむね年6パーセント程度の金額です。
 土地の更地価額とは、その土地の時価をいいますが、課税上弊害がない限り次の金額によることも認められます。

(1) その土地の近くにある類似した土地の公示価格などから合理的に計算した価額
(2) その土地の相続税評価額又はその評価額の過去3年間の平均額
なお、相当の地代を授受することとしたときには、借地権設定に係る契約書において、その後の地代の改定方法について次の(1)又は(2)のいずれかによることを定め、遅滞なく「相当の地代の改訂方法に関する届出書」を借地人と連名で法人の納税地の所轄税務署長に提出することが必要です。届出がされない場合は、(2)を選択したものとして取り扱われます。

(1) 土地の価額の値上がりに応じて、その収受する地代の額を相当の地代の額に改訂する方法
 この改訂は、おおむね3年以下の期間ごとに行う必要があります。
(2) (1)以外の方法
(法令137、法基通13-1-2、13-1-8、平元直法2-2)

(平成29年4月1日現在の法令等によっています。)

建物のみの売却は可能です。簿価での取引でも問題ないと思います。
適正な地代を貰い、借地権の無償返還の届出により、借地権の問題はクリアできると思います。

補足ですが、相当の地代の額は、原則として、その土地の更地価額(時価または公示価格または相続税評価額など)のおおむね年6％程度の金額となっています。

たくさんのご回答頂きましてありがとうございます。とても参考になりました。今後とも不動産取引の際にはよく確認して取引していきます。本当にありがとうございました。