自社サービス利用分の支給金額は課税対象なのですか？

　税務と関係ない部分がありますので、私見として参考にしてください。ご相談のとおり「タダで購読」で新聞社が購読料を負担して新聞販売店に支払うことであれば、福利厚生費として認められますので給与課税の対象とはならないと考えます。福利厚生費は会社が給与以外に社員のために利用する業務には直接関係しない費用です。具体的には社員旅行費やレクリエーション費・健康診断費用などが該当します。新聞購読であれば、従業員の話題の共通性や知識向上等が目的となりますので問題はありません。
　福利厚生費は全ての社員に公平に、かつ社会通念上常識的な金額で、かつ現金での支給ではない等の条件がありますので、購読料を現金で支給した場合は給与課税の対象となります。
　新聞社が購読料を負担して新聞販売店に支払うことに問題があるとすれば、新聞販売には新聞公正競争規約や新聞販売綱領がありますので、契約者でない会社による販売店への直接支払は、そちらに抵触するのかもしれません。申し訳ございませんが、詳細は関係者にご確認お願い致します。