税金の還付について

当初の確定申告で、株式譲渡所得を申告ではなく、特定口座で完結させる課税を貴殿が選択した取り扱いになっていると思います。
したがって、最初の申告の時に入れておくべきであったといえ、計算のやりなおしは、出来ない状況であると推測されます。

特定口座内保管上場株式等（源泉徴収選択口座）による譲渡所得は、申告分離課税か申告不要制度の選択となります。
本件は、申告不要制度を選択されたことと思われますが、申告分離課税を選択し確定申告に乗せたとしても、他の上場株式等の譲渡損失とは通算できますが、事業所得とは損益通算することはできません。

よって、個人事業の損失と特定口座の利益は相殺できず、税金の還付はないと考えます。

特定口座であれ、一般口座であれ、株式の譲渡所得は他の所得と分離して税金を計算することから、事業所得のマイナスの金額を、株式の譲渡所得のプラスの金額から差し引くことは、できません。