無償の土地賃借料

一般に資産を無償で貸し付ける場合には、通常収入とすべき賃料相当額を寄附金課税されるわけですが（法人税法第37条第7項）、貴社のケースは資金的なやり取りをしていないだけですので、（支払補償料）/（受取家賃）という仕訳を計上すれば良いと思います。
法人税には影響はないですが、消費税には影響があります。

補償料についての覚書も作成しておいた方が良いですね。

家賃をもらわないことに、経済的合理性があれば、課税上の問題はないと思います。
明確に契約をしない限り、仕訳も不要で、消費税にも影響しないと思います。

今更ですが、売却を底地所有者と共に売却することにすればシンプルでした。
それまでは借地料も貰う。底地所有者は、共に売却することで単独で売却するよりも有利に売却できるため、迷惑をかけることは無く、喜んでいるはずです。この部分だけを見れば。
更に、流通コスト（登録免許税、不動産取得税、司法書士報酬）もかかりませんでしたから。

なお、売却は土地、建物を一緒に売却される。
その期間次第となりますが、

実質的に土地の取得対価と看做せば、

土地　××　受取家賃　××　※共に不課税で消費税上影響無。
　　　　　　　　　　　　　但し、益の影響は有。

寄付金　××　受取家賃　××　※消費税上影響無。
　　　　　　　　　　　　　　但し、寄付金の限度額を超える場合は
　　　　　　　　　　　　　　損益に影響あり。

他、それぞれ、考え方次第で不安定な経理処理を余儀なくされますので。

ご回答いただきありがとうございます。
契約書を見ると無償ということで使用賃借契約となっておりました。
地代ともに権利金ももらっていないようなのです。権利金をもらっていないことに対しては税務上ＯＫでしょうか？

使用貸借ですね。
ただ、税務署に借地権者の地位の変更が無い旨の届出がされていれば税務上は借地権が有りますが。

恐らく、更地だったのでしょうか。であれば、地主ではありませんでした。
その分、建物賃借料を低くされていたのかと存じます。

本来、地代の支払。
　　　建物賃料の賃貸料計上。

これが両ぶくらみで総額計上すべき所、純額計上とされていたのでしょう。
過去の経緯、経理処理等ご確認いただけると実態が判るか、これらは顧問税理士の方がご存知でしょうから、説明頂くのが宜しいのかと存じます。

本来、建物所有者である法人が、一部土地の所有者の方に借地契約を結び、権利金を支払い、地代も支払、更新料も支払、といったことをされるのも一案でした。

ただ、これは使用貸借という形をとった。
よって、そもそも権利金等を受け取るのではなく、御社の立場は支払う方になりますね。

他方、建物の賃借料については受け取る方になりますが。

土地の地代と建物の賃料が、相殺だったということでしょうか。
権利金も問題なく、課税上の問題はないと思います。

ご回答いただきありがとうございます。
質問の内容を一部間違えておりました。申し訳ございません。
再度正しい内容で質問をさせていただきます。