公共事業で土地や建物を売った際に税金が5000万円控除される理由とは？

制度の趣旨についてお答えします。

売主（土地保有者）は、国等に協力（ほぼ強制的に）して土地等を売却します。
例えば、売却したくない土地等を国等の協力依頼（ほぼ強制的に）で売却したのに、その売却益（売値△原価）について税金を支払うのは合理的とは言えません。

そこで、不公平感をなくすため、収用（国等が強制的に買い上げる場合）の場合の譲渡税については、「代替資産の特例」と「５，０００万円控除の特例」と呼ばれる２つの特例が設けています。

ざっくり言うと、
５，０００万円控除の特例とは、売却益が５，０００万以上でなければ、税金を納めなくてもいいよ。という制度です。

あくまでも特例ですので、相手が国や地方公共団体等でなければ、売却益について税金を納める必要があります。

制度の趣旨についてお答えします。

売主（土地保有者）は、国等に協力（ほぼ強制的に）して土地等を売却します。
例えば、売却したくない土地等を国等の協力依頼（ほぼ強制的に）で売却したのに、その売却益（売値△原価）について税金を支払うのは合理的とは言えません。

そこで、不公平感をなくすため、収用（国等が強制的に買い上げる場合）の場合の譲渡税については、「代替資産の特例」と「５，０００万円控除の特例」と呼ばれる２つの特例が設けています。

ざっくり言うと、
５，０００万円控除の特例とは、売却益が５，０００万以上でなければ、税金を納めなくてもいいよ。という制度です。

あくまでも特例ですので、相手が国や地方公共団体等でなければ、売却益について税金を納める必要があります。

収用の場合だけなんですか？
国等に合意の上で売り払う場合は、控除されないのでしょうか？