非居住者の納税について

現在勤めている会社で正社員から業務委託雇用（給与ではなく報酬を受領する場合）に切り替え働き続ける予定の場合

日本に相談者様が事業所を有する場合は、日本で申告します。

日本に事業所がなく、住所もなく、アメリカに住所がある場合は、アメリカで申告します。

一般的には、住まれている国で申告することになります。

「非居住者でも所得元が日本であれば日本に納税すべき」→これはこれで正しいのです。「所得元」というのは給料とか報酬を払ってくれる会社とか人のことではなく、日本で働くと日本が所得元で、アメリカで働くとアメリカが所得元です。あなたはアメリカで働くのですから、アメリカが所得元でアメリカで納税します。一時的に日本に戻ってきて日本で働けば日本で働いた分は日本が所得元なので（一次的には）その分は日本でも納税しないといけません。　あと、F２ビザですが、アメリカで働く資格が得られないように思います。自分で確認してください。