ふるさと納税の給与の計算、基本給の他見込みの時間外労働手当も含んで考えて良い？

時間外労働手当も基本給と同様、「給与所得」に含まれます。従って、ご相談のケースですと時間外労働手当25万円を加算した年間の給与総額を基にお考えいただいて大丈夫です。
宜しくお願いします。

先生がおっしゃるようなことは条文等に明記されているのでしょうか？

所得税法上の収入金額については、所得税法第36条において「別段の定めがあるものを除き、その年において収入すべき金額とする。」とされております。
給与所得となるものにつきましては下記サイトをご参照ください（「2」の手当が本件に該当します）。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2508.htm

宜しくお願いします。

手取りと額面のどちらで考えれば良いのでしょう？

シミュレーションソフトを利用する場合には給与収入の額面で考えますが、家族構成や社会保険料の金額なども考慮して判定することになります。