ファクタリングの税制について

5万円の赤字となるのではなくファクタリング手数料5万円分利益が減少するだけで、貴方が計算式で書かれている通り95万円の黒字です。

100万円で販売して、収入は９５万円となるため
赤字となるように思いました。
手数料は経費にならないでしょうか？
また９５万円の黒字となるのでしたら、確定申告は必要でしょうか？

ファクタリング手数料5万円分利益が減少すると回答している通り、経費です。
ご記載の条件だけに限れば、収入100万円−経費50万円＝利益95万円なので申告納税は必要です。