不動産のリフォームの費用の損益通算

ご質問の趣旨は、「多額のリフォーム代の出費により不動産所得が赤字になった場合にも、給与所得と損益通算ができるのか」ということであろうと思います。
基本的には問題ありませんが、そのためには次の２点にご留意ください。
まずは、当初の自宅取得（建築）ローンの借入の対象に、敷地部分が入っていたかどうかです。つまり敷地に見合うローンの支払利息に限っては、不動産所得（不動産の賃貸による所得）の赤字の損益通算からは除外されてしまうからです。
したがって、これが「敷地は当初からご自身等の所有で、借入は建物建築費だけである」または、「敷地取得資金は自己資金でまかなっており、借入対象は住宅のみ」というものであれば何の問題もありません。
もう一点は、（十分ご認識されているようですが）「リフォーム代に資本的支出が含まれていないか」です。建物自体の価値を増加させるといった資本的支出は、建物取得費に加算され､その年の必要計には算入できないからです。
これ以外には特に問題はないように思います。またリフォームローンを利用することも、税務上は何の影響もありません。

ご回答有難うございます。本物件は土地と建物合わせて2000万円程度のローンを組んで取得しており、土地部分の金利にかかる赤字の場合の損益通算に関しての注意点は発生すると理解しました。

一方、同物件は築22年オーバーの木造ですので、仮にリフォーム1000万円を組んだ場合、建物にかかる部分の工事内容は4年間で減価償却が取れると理解しています。一方、外構工事やガレージの増設、家具の購入、キッチン等の設備についてはどのような扱いをすればよいでしょうか？

給与所得が900万円以上あり、今回のリフォームにより減価償却を数百万円単位/年で取り、課税所得の圧縮を図りたいと考えております。

尚、本件、税務署にも確認しましたが、当該物件が賃貸物件であることが必要と回答ありました。元自宅でも第三者との賃貸契約があれば問題ないと理解してよろしいでしょうか？

まず1,000万円のリフォーム代（資本的支出）は、ご指摘のとおり耐用年数4年での減価償却費の計上が可能です。
ただしこれには、この家屋の再取得価額（現時点での再建築費。つまり新品価額）が2,000万円を超えることという条件があります。資本的支出が新品価額の50％を超えた場合には、新規に資産を取得したとみなされ、本来の22年の耐用年数が適用されてしまうからです。
　次に、外構工事やガレージは構築物、家具やキッチンは器具・備品といった分類に応じて、それぞれの耐用年数で償却（定率法も可）することになりましょう。
　また賃貸物件が元自宅であっても何の支障もありません。もちろん第三者との賃貸契約に基づき家賃を収受し、税務上これを収入金額として計上することが前提です。

まず1,000万円のリフォーム代（資本的支出）は、ご指摘のとおり耐用年数4年での減価償却費の計上が可能です。
ただしこれには、この家屋の再取得価額（現時点での再建築費。つまり新品価額）が2,000万円を超えることという条件があります。資本的支出が新品価額の50％を超えた場合には、新規に資産を取得したとみなされ、本来の22年の耐用年数が適用されてしまうからです。
　次に、外構工事やガレージは構築物、家具やキッチンは器具・備品といった分類に応じて、それぞれの耐用年数で償却（定率法も可）することになりましょう。
　また賃貸物件が元自宅であっても何の支障もありません。もちろん第三者との賃貸契約に基づき家賃を収受し、税務上これを収入金額として計上することが前提です。