法人事業税などの算定基準になる資本等について

簡単にいうと、事業年度末日（決算時）の資本金＋資本剰余金です。

資本剰余金は開始早々取り崩し、店舗の購入代などで使用してしまします。

→資本剰余金の取崩しは資本準備金か繰越利益剰余金への振替えしかありませんので、店舗の購入代などに使用しているというのが理解できません。店舗の購入代などは資本剰余金から払うものでなく資本剰余金として払い込まれた現金預金で払うものです。

すみません。伝え方が悪かったです。不動産購入は現預金からしはらったことになります。
設立時に準備した現預金を資本金100+資本剰余金2900としたのですが、
資本金100、その他の現預金はほかにどのように処理すればよかったのでしょうか？
資本金等を1000以下にした法人にしたいのですが、登記してしまったら変更方法はありませんでしょうか？

合同会社で払込金額が3,000、この内100が資本金、残りの2,900を資本剰余金としたのであれば、設立時の仕訳は(借方)現金3,000／(貸方)資本金100、資本剰余金2,900です。設立事業年度では事業年度末も資本金等の額3,000は変わりません。
変更方法はありませんので、事業税の算定基準となる資本金等の額は3,000です。

ありがとうございます。
何度も申し訳ありません。
資本金等を1000で設立し、必要時に役員借入金とすることはいかがでしょう？

既に設立登記済なんですよね？不可能です。