妻名義の合同会社設立（不動産賃貸業）についてで

同じような賃貸業をなさっている方同士でも抱えている事情がそれぞれ違うことから正解は無いと思ってください。
①について、弊事務所では、まずは「建物のみ売却」をお勧めしています。
　大きな違いは、将来の相続などが起きたときの評価額に違いが起きます。「建物のみ」のときは、その敷地部分が小規模宅地の特例（貸付事業用宅地等）で評価が50％減になる可能性があり、「土地と建物両方」の場合、株式で評価しますが、会社所有の土地は時価そのもので評価しますので、一般的に株式の評価額が高くなることがあるからです。また、「建物のみ」の場合は、役員報酬とは別に地代を受け取ることで法人税の負担が減ったり（逆に個人の税金が増えることもあります）、自由になるお金ができたり、といった面もあります。

　②について、曖昧にしないようにするには、個人と会社間で各契約を結ぶことです。そして会社の社員総会でその契約を締結する決議議案書を残しておくことです。
　自宅を事務所とするならば、できれば特定の1室にデスクや書類を置くなどして賃料を支払う賃貸借契約（もちろん電気代などを含んだ額で）を結んだ方が良いと思います。そうすれば支払賃料額を法人の経費にすることができます。車両は会社名義で購入すればかかる費用は会社の経費にできますが、個人所有の車両を使う場合は、（妥当な金額で）利用料契約を結んでおけば経費にできます。
　要は、会社を第三者とみて経済取引をする場合ならどうする、と考えてみたらよいと思います。

・質問への答えが十分でなかったので、補足します。
　ローンが残っているから、売却できないということはありません。
ただその際、会社との取引で売却金額やローンをどうするかによって今後の資金繰りや税金にも影響が出ることが多いことから、専門の税理士さんにご相談された方が良いと思います。

畑中先生
お世話になります。
この度は貴重なアドバイス、有難うございました。
法人への所有物件売却は建物のみが良いという事で参考になりました。
後々は私が退職後、妻の法人への入るつもりです。
確かに正解は無いと思いますので、よく整理して行動したいと思います。