休眠の手続きについて

1、異動届の提出時期が、全く守れていないのですが、ペナルティありますか？

ないと考えます。法人税に休業はありません。
地方税は、届出を出します。それまでの均等割りを求められると考えます。

2、期の途中の日付を休眠日にすることもできますか？


相談してください。地方税の係に。

3、バーチャルオフィス（本店登記）や、銀行口座はそのまま残したいので、ネットバンクやオフィスの月額料金が発生したり、ほぼ残高ないですがもしかしたら利息が入る可能性もあるので、入出金が全くゼロではないのですが、休眠可能ですか？


可能だと考えますが・・・ご相談ください。

消費税だけは、課税事業者の取りやめの届出を必ず出さないと、毎年申告の督促の話が来ます。至急出してください。

異動届けは速やかに提出すべきてす。
税務署も調査しますので、稼働実態がなければ申告のことはとやかく言わないはずです。但し、本来は休眠でも「0」で申告すべきでした。今からでも「0」申告すべきてす。
また、まず都道府県の事業税の係へ赴き、休眠状況を説明してください。均等割の課税は止まります。併せて市町村税務課にも赴き、同じように相談すれば均等割は止まります。