免税事業者なのに課税事業者と設定して確定申告してしまった場合

この誤って課税事業者と設定して確定申告してしまった初年度は、多く納税してしまったということでしょうか。

　⇒　「確定申告」は所得税の確定申告のことでしょうか。
　　　会計システム上設定が「課税事業者」であったとして、会計上の処理を「税抜き経理」を採用されたのでしょうか、それとも、消費税の申告書を提出してしまったのでしょうか。
　
　　　そのような処理をしていない場合は、特に所得税に何ら影響は及ぼしていないと考えられますので、修正や更正の請求は必要ないと思われます。

　　　税抜き経理を採用してい場合は、収入・経費とも消費税額分相当が少なく計上されていることになります。免税事業者は、税込み経理をすることになっていますので、税額に移動がある場合は「修正申告又は更正の請求」などの処理が必要になると思います。
　　　また、「課税事業者の選択届出書」を提出せずに消費税の申告書を提出した場合は「更正の請求」を提出するようになると考えられます。　

ご回答有難うございます。
「確定申告」は所得税の確定申告です。また、この問題の年度の消費税の申告書は提出しておりません。この年度は会計システム上の設定を「課税事業者」、会計上の処理を「税抜き経理」を採用してしまいましたので、収入・経費ともに消費税額分相当が少なく計上されてしまったということだと思いますので、更正の請求をすることになると思いますが、先の質問時に書きましたように、青色申告の売上額が100万円超しかなかったため、更正の請求をしたとしても少額で、色々な手間を考えると、何もせずこのままにしておいた方がいいのでしょうか。あと、この年度の会計帳簿を今から免税事業者に変更すると、その後の年度（数年）の数値も全部変わってしまい、それら全ての年度の修正申告か更正の請求が必要になってくると思うとなおさら、何もせずこのままにしておいた方がいいと思うのですが、再度のご回答お待ちしております。

　所得金額が変わらない可能性が高いと思います。その場合は、修正申告や更正の請求などは必要ないと考えます。
　なお、還付や追加納税が発生する場合、税理士の立場で「しなくともよい」とは言うことはできず申し訳けありません。

　さて、すでに経過（決算を完了）した年の「免税事業者」の年分を、今から税込経理とするのは難しいと思います。ただし、2023年が免税事業者の場合は税込経理に訂正されることをお勧めいたします。
　
【所得金額が変らないと考えられる理由】
　　税抜経理はもともと、損益に影響をさせない経理処理になります。
　　ただし、納税額が100円未満切り捨てなので、差額分のみ損益に影響が生じます。

　　通常、税抜経理では所得金額を算出する前、決算時（年末）に消費税の申告書を作成し、納税額を算出します。
　　そして「仮受消費税-仮払消費税」の金額と未払消費税（納税金額）の差額を雑益または雑損に計上することになっています。

　　当該年分が「免税事業者」で、消費税の納税金額がなったならば「仮受消費税ー仮払消費税」の金額はすべて雑益としていると考えます。

　　この考え方から、個々の勘定科目の金額は過少となってはいますが、「純額」による所得金額は変更がない、もしくは少ないのではないでしょうか。
　【例】
　　　課税売上高　税抜100万円　仮受消費税額10万円
　　　課税仕入高　税抜60万円　 仮払消費税額　6万円　としたとき

　　［税抜き経理］
　　　　売上高　　　 100万円
　　　　仕入・経費　　60万円
　　　　雑益　　　　 　4万円 (仮受消費税10万円-仮払消費税6万円）
　　　　利益（所得）　44万円

　　［税込経理］
　　　　売上高　　　110万円
　　　　仕入・経費　 66万円
　　　　利益（所得） 44万円

　　　ざっくりですが、同じ利益（所得）になります。

詳細なご回答誠に有難うございます。
この件についてはいじらずこのままにしておこうと思います。
ちなみに、金額がもっと大きければ変更していたと思いますので知識として知っておきたいのですが、今回のように数年前に会計システム上の設定を「課税事業者」、会計上の処理を「税抜経理」にして誤って確定申告してしまったものをあとから「課税事業者」から「免税事業者」、「税抜経理」から「税込処理」に訂正すると、会計帳簿の数値はその年度およびそれ以降全て変わってしまい、それら全ての年度の修正申告か更正の請求が必要になってくるのですか。（毎年、年度末の残高が次の年に引き継がれるため。）
度々の質問で申し訳ございませんが、ご回答いただけますと幸いです。

>「課税事業者」から「免税事業者」、「税抜経理」から「税込処理」に訂正すると、会計帳簿の数値はその年度およびそれ以降全て変わってしまい、それら全ての年度の修正申告か更正の請求が必要になってくるのですか。
⇒　システム上の問題だと思いますが
　　　「課税事業者」から「免税事業者」又は「免税事業者」から「課税事業者」としただけでは本来は変わらいないと思います。
　　　しかし、「税込経理」「税抜経理」の会計処理を変更すると、金額の変更はあると思います。
　　　ただし、課税事業者が遡って、「税込み」「税抜き」にすることはできないと考えます。

　　　今回のケースのように、免税事業者なので本来は税込・・・税抜きだった処理を遡って修正・・・については、システム上できたとしても、会計上「できる」のはおかしいと考えます。

　　　通常「確定した決算は遡って変更できない。」とされています。法人の考え方かもしれませんが、株主総会等で承認された「決算」を後から変更することができるとなると、どの「決算書」が当該法人の経営成績を示すものかわからななり、第三者に誤った判断をさせることになります。
　　　法人の場合は、例えば過去の売り上げが漏れていた時など、過去の決算を訂正するのではなく、進行期で売上げに計上します。（会計上）
　　　しかし、法人税としては、過年分の修正申告書を提出します。会計上と税務上の違いは「別表」にて調整して、齟齬がないようにしていきます。

　　そこで、会計上の考え方は、個人事業であっても法人事業であっても同じであるため、「決算書」の補正はできないが、修正申告や更正の請求はできると考えるべきなのだと思います。
　　ただし、個人事業の場合別表などがないため。青色決算書で計算された所得金額＝所得税の所得金額となるので、手計算での補正が必要になる可能性があります。

　　会計システム上、課税⇒免税　税込⇒税込みと変更すること決算内容が変わるのであればシステム上の登録は変更せずに、特に貸借対照表の金額などは進行の年で変更させるのがベターなのだと思います。
　　
　　なお、修正申告や更正の請求は税務上の考えであり、過去の経理処理が誤った場合に、所得金額や納税額が変わるのであれば、正しい処理をお勧めします。　※貸借のみの変更による修正申告や更正の請求はありません。

度々のご回答どうも有難うございました。
今後、確定申告書を提出する前にミスがないよう再々確認しようと今回改めて思いました。

　　お返事ありがとうございます。
　　私どもでも、お客様のデータを確認した時にシステムの設定が、思っていた時と異なると慌てることがあります。
　　気を付けたいことばかりです。