個人事業主ですが通帳を分けていないためか、事業主借と事業主貸の金額が大きくなった

個人事業ですので、完全に事業とプライベートを分けることはできないとは思いますが、少なくとも銀行口座とクレジットカードは事業用とプライベート用を分けることをお勧めします。

事業主貸と事業主借が多額だと税務署に怪しまれるということをご心配されているようですが、事業主貸が少なすぎても生活費の資金出所に疑義を持たれたりしますので、来年からきっちり公私を分離してください。
なお、税務署の調査は仮にあったとしても適正申告しておれば心配には及びません。

ありがとうございます！！
分けないでやることはできないのでしょうか？
帳簿をつける時に、経費などは分けているのですが、税理士さんに問い合せた時に兼用でもいいし分けてもいいと言われてどうしようか迷って、兼用にしました。

分けなくても記帳は可能ですが、ご質問にあるように事業主勘定がどうしても複雑になってしまいます。
公私を極力分けた方が仕訳数も少なくて済みますし、事業主勘定がシンプルになりますので、税務署向けには見た目がいいでしょうね。
特に、会計ソフトをご利用で銀行口座やクレジットカードを自動連携する場合には、事業用を区分すべきだと思います。

なるほど！
私は家の中の一部分で仕事をしています。
たとえば電気代はその仕事をしているスペースの広さなどから割り出して1割と計算しています。そういう場合はどうしたらいいのでしょう？事業用の通帳を作り、1割分だけ経費として引き出せばいいのでしょうか？

税務署からは、事業用と分けていないと叱られるのでしょうか？

家事関連費はそもそも区分できませんので、
①事業用口座から引き落としする場合は
光熱費10% ／ 普通預金100%
事業主貸90% とするか、

②プライベート口座から引き落とす場合は
光熱費10% ／ 事業主借10% のいずれかの方が自然だと思います。

なお、税務署から事業用とプライベート用口座を分けていないからといって叱られたりはしませんが、会計ソフトを利用して自計化を行なっているのであれば、可能な限り区分するよう指導はあるかもしれません。

ありがとうございます！！
自分で何割か計算して打ち込んでいますが、それでもダメなのでしょうか？
また、指導が入るということは私が分けていないとあちら側にわかるということかと思いますがどうやって税務署側にわかるのでしょう？

色々なやり方がありますので、結果が同じであれば気にしなくて結構です。

税務署が分かるのは、調査等があったときだけです。
調査がなければ分かることはありません。

分かりました！結果は同じになるので安心しました。
個人事業主で調査に来る時はどんな時なのでしょうか？
自分なりに色々調べてみましたが、売上が急に上がったことはなく去年も今年も何万かの前後がある程度で大体横ばいで、経費は開業した時に比べるとちょっと少ない程度になりあまり変わりません。

税務署が調査対象とするのは、一般的には各種資料情報や損益計算書、貸借対照表等からみて申告額が低いと認める事業者だと思いますが、これ以上のことは税理士には分かりません。
適正申告されておれば気にされることはないと思います。

ありがとうございます！とても参考になりました。