確定申告　個人事業主の災害損失の経費計上について

資産損失の税務処理には保険金の有無により変わります。
また、保険金の名目（商品補填、建物補填や慰謝料など）によっても変わります。

賃貸倉庫の為動産保険は無く
また出火元からの慰謝料なども一切ありません

まずは、大変な被害を受けられたにもかかわらず、慰謝料等を貰えないということに対して心情をお察しいたします。
さて、損失を受けた資産の税務処理ですが、まず、商品は、売上と期末棚卸を計上しないことで自動的に売上原価に算入されますので、仮に商品の評価額を損失計上すると二重に必要経費に算入されることになります。
次に、備品についてですが、減価償却資産であれば未償却残高を雑損失として計上します。
また、償却資産ではなく消耗品費などで費用計上したものであれば、貯蔵品として棚卸評価してなければ二重に経費に計上することになりますので、別途損失処理はできないことになります。

早速のご回答とお気遣い頂き有難うございます

備品については消耗品費で費用計上済みですので損失処理できないですね

在庫商品についてはもちろん売上計上はできませんので特に損失計上せず
損失以降に仕入れた分のみを期末棚卸に計上することで良いとの理解で宜しいでしょうか

国税庁のHPより
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/saigai/h30/0018008-045/02.htm
災害により事業用資産や棚卸資産などに被害を受けた個人事業者の方は、その損失の金額を事業所得等の金額の計算上、必要経費に算入することができます（保険金などにより補てんされる部分の金額は、必要経費に算入されません。）。
　また、損益通算してもなお引ききれなかった損失の金額（以下「純損失」といいます。）がある場合には、次のように取り扱います。

・青色申告の場合
　純損失の金額を、その年の前年に繰り戻して還付の請求をするか、又はその年の翌年以後3年間に繰り越して、各年分の総所得金額等から控除することができます。

とありましたので決算時に
借方　災害損失　1000000 貸方　商品　1000000
の様に計上するのかと思っておりました

棚卸商品は仕入れに計上した時点で売上原価に算入されます。
この棚卸商品を売上にも期末棚卸に計上しなかったら商品の損失がなかったときと比べると売上原価が高く計上されることになります。
それに加えて、災害損失を計上すると、例えば50万円の商品が災害損失を受けたと仮定した場合、50万円の売上原価に加え災害損失で50万円の合計100万円の経費を算入することになってしまいます。
（参考）
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shotoku/15/01.htm

早速有難うございます

御掲示いただいた国税庁のページは見ていて理解しづらい点が有りましたが
大変わかりやすく解説いただき理解できました
有難うございました