個人事業主の収入と株の利益の合計による確定申告

この質問の趣旨が分からないので、会社に確認すべきだと思います。

所得税法の扶養控除（配偶者控除）の対象なら、収入ではなく所得４８万円以下かどうかです。配当所得は申告不要制度もあり、申告すれば所得に含まれますし、申告しないのならば含まれません。
給与は給与所得控除５５万円がありますので、収入に換算して１０３万円以下としていますが、配当所得には給与所得控除は適用されないので、５０万円の配当所得を申告すれば、扶養から外れます。
あくまで所得４８万円以下であり、１０３万円では判断できません。
株の利益が株式の譲渡益ならば、その取引が、特定口座の源泉有りで行われたのであれば、申告はするしないは自由です。申告しなければ４８万円には含まれません。
ＮＩＳＡとか非課税口座は非課税ですから含まれません。
一般口座や特定口座源泉無しなら、申告が義務なので、４８万円に含まれます。



１０３万円の制限が会社の「扶養手当」「配偶者手当」の支給のことなら、そもそも、会社独自の制度であり会社により異なるので、会社に聞く他はありません。

青色申告控除は、事業所得の所得計算内で行い、青色申告控除を引いた後が事業所得の金額です。株の利益からは、青色申告控除は引けないので、先に青色申告控除を加味して事業所得を計算して、その後、株の利益を足すのが基本です。
税法上のことなら、株の利益は前述したとおりです。