配偶者特別控除について

おそらく、『過不足税として45000円』というのは
年末調整による過不足額のことではないかと思います。

一つ考えられるのは、配偶者特別控除の影響だけでなく、
年末調整をしてみたら全体的に足りなかったということです。
（毎月のお給料から天引きしたのが少なすぎたり、年中に扶養の異動があったなど）

もう一つ考えられるのは、配偶者特別控除の申請をしたにもかかわらず
お勤め先で計算し忘れているということです。

源泉徴収票を見れば状況が分かりますのでご確認ください。

ありがとうございます。確かに過不足税でした。
書類提出時には、妻の年収が確定しておらず、夫が予測で110万で申請を出したようです。
となると、配偶者特別控除額が31万になります。夫の会社がこの金額で計算したのかなと思います。 妻の年収が確定し、源泉徴収票を提出しました。計算し直し、戻ってきますでしょうか？ また結局全ての夫、妻の増税額はどれくらいになるのでしょうか？

ご主人の源泉徴収票はすでに交付を受けたのでしょうか。
同票中の『配偶者特別控除の額』欄に31万円と書いてあるかどうか
ご確認ください。

年末調整をやり直してくれるかどうかは会社によると思います。
奥様の源泉徴収票をご主人のお勤め先に提出したのであれば
おろらくやり直してくれるんだろうと思います。
もしもやり直してくれないのであれば、確定申告をします。

ご主人の増差は限界税率によって異なりますので分かりかねます。
奥様は奥様のお勤め先で年末調整されていると思いますので所得税は完了です。
個人住民税は今後支払わないといけませんが、
年間1～1.5万円くらいではないでしょうか。

源泉徴収票に毎年ですが、特に配偶者特別控除の記載はありません。それがあればこのような質問をしなくても一目瞭然なのですが。
ですので 社会保険料等の金額、 基礎控除、保険料控除、地震保険控除、配偶者控除を足した金額が所得控除額の合計に一致するかを確かめたのですが、昨年はきっちり合致しましたが、29年度の源泉徴収票では配偶者特別控除額を足す前に、所得控除額に達しました。これは控除額０として計算されているということでしょうか？

よくご存じです。
各所得控除を合計してみて一致していないのであれば、
何か誤りというか、行き違いがあるのかもしれません。

ご主人のお勤め先にご確認されたほうがよいと思います。
1月中に調整されなければ、ご自身で確定申告するほかありません。

配偶者特別控除ってあんまり適用する人がいませんし、
記載する場所や記載方法がいまいちなので、
年末調整する側が見落としたりしがちかなと思います。

一月の給与明細で調整されていないようでしたら、確定申告したいと思います。
その際は、夫と妻の源泉徴収票を税務署に持参するだけで手続きはできるのですか？

妻の源泉徴収票の提出を年明けすぐにでも提出するように言われ、提出しましたので、恐らく調整してくださるとは思います。
詳しく教えていただきありがとうございます。

もしも確定申告する場合には確定申告書を作成し税務署に提出します。
税務署に行って提出しても、郵送しても大丈夫です。
あるいは、e-taxで送信することもできます。

確定申告書は、国税庁の確定申告書等作成コーナーで作成できます。
あらかじめ作成されて持ち込まれたほうがよろしいかと思います。

ご丁寧に相談に乗って下さり本当にありがとうございました。感謝致します。