会社の年末調整で扶養している夫が障害年金をもらってるのを知られたくない

年末調整ではなく、確定申告で障害者控除を受けるという方法もありますが、住民税の徴収手続きの中で、会社に知られる可能性は排除できません。
この場合、相談されている方が会社を信用していないと知られることとなり、予見できない悪影響を及ぼす可能性があります。
お気持ちは察しますが、年末調整で障害者控除を受けられることをお勧めします。

　障害者年金は非課税所得のため、収入を０円で申請しても問題はないと思います。
　「障害者控除」については、扶養控除申告書に記載せずに確定申告で控除を受けることができます。
　しかし、住民税は給与所得者は「特別徴収」になるため、会社に「納税通知書」が送られるため障害者控除の事が会社に知られる可能性が有ります。
　給与所得者は、普通徴収が選択できないことになっています。但し、市区町村の窓口に相談され、対応してくれる市区町村も有ると聞いています。
　一度相談されてはいかがでしょうか。