社会保険料の間違いが有り請求されました。

間違いの原因は会社の計算誤りかもしれませんが、税金を負担するのはご本人になります。
お気持ちは分かりますが、仮に会社が正しく計算していれば納めていた税金になる訳ですから、会社が言う5万円が正しい金額であれば返金する必要があります。

不足していたのは、社会保険料でしょうか、源泉所得税でしょうか。
返金の前に、きちんとした説明と会社の謝罪が先と思います。

経理の方の立場からすると、請求、連絡はしますが、退職者から回収するのは実際上無理でしょう。次回は、やめる前に整理、精算しましょう、と助言する類のことでしょうか。
勿論、返金されるのであればそれは素晴らしいことですし、そういう社会であって欲しいですが、見たことがありません。

最終的には、きちんと返金することが、良識ある社会人の常識と思います。