離婚していないが別居している場合の扶養控除

こんにちは。
まず、双方で、扶養に入れることはできません。
どちらかお一人の方でしか扶養には入れられません。
扶養控除の要件は、
１，生計を一つにしていること
２．親族であること
３．合計所得金がkが３８万円以下であること
です。
生計を一つにしているということの意味は、金銭的に一つの家計として生活をしていることいいます。
お尋ねを拝見する限りですが、ご主人は養育費を出しておられる。
奥様も、収入があり、学費や生活費を負担しておられる、とお見受けします。
したがって、双方ともに生計を一つにしているという要件は満たしていると思います。
以上の状況から、いずれかお一人しか、娘様を扶養親族にして、扶養控除をすることはできない。そこが問題ではないかと思います。
税務署からの判断の根拠は、おそらくはご主人側で娘様を扶養控除にいれていることが考えられます。
そのようなケースを、私も経験したことはありませんが、奥様側で、上記の前提であれば、奥様の方で扶養親族にいれることができない理由も、ないと思います。
一般論では、夫婦で共稼ぎの場合に、有利な方の扶養に入れるのですが、税務署で、どちらの方に入れるのか、を、認定、判断することは通常はありません。
どちらか一方でしか入れられないのです。
どちらも要件を満たしているならば、税務署からいうことは、「どちらか一方だけで扶養控除をしてください」ということだけだと思います。
私は、双方で話し合って扶養控除を行う側を決めていただくしかないと思います。
取り急ぎ回答とさせていただきます。

迅速なご回答ありがとうございます。
やはり、どちらかしか認められないという意味においての「認められない」なのですね。夫に扶養控除について再度確認した上で対応を進めて参ります。
この度はありがとうございました。

お疲れ様です。
はい、そのとおりです。
私は、このあたりの仕事を税務署でしていたことがあるので、
税務署側でどちらかに断定しているのではなく、双方で控除しているから、是正対象になったのだと思います。
お役に立てたようでしたらよかったです。