家屋に居住しない場合の住宅ローン控除について

所得税基本通達41-2 措置法第41条第1項、第6項及び第10項に規定する「引き続きその居住の用に供している」とは、新築等又は増改築等をした者が現に引き続きその居住の用に供していることをいうのであるが、これに該当するかどうかの判定に当たっては、次による。
（1）　その者が、転勤、転地療養その他のやむを得ない事情により、配偶者、扶養親族その他その者と生計を一にする親族と日常の起居を共にしないこととなった場合において、その家屋をこれらの親族が引き続きその居住の用に供しており、当該やむを得ない事情が解消した後はその者が共にその家屋に居住することとなると認められるときは、その者がその家屋を引き続き居住の用に供しているものとする。

　上記の通達により、判断することとなります。
　転勤と奥様の転地療養であれば、引き続きその居住の用に供していることとなり、住宅ローン控除が適用されると思います。

ご相談者様の転勤が、奥様が療養のためにご実家を出られると、どう関係してくるのか不明ですが、
〉 職場や実家関係のことで鬱を患っており医師にも離れて暮らす方が良い、と言われていたこともあり
⇛これについては、税務署に対し、下記の書類の提出が必要です。
医師の診断書などの添付は求められていませんが、転任辞令の写しやその他やむを得ない事由を証する書類などで確認する場合がある明記されています。
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/1620.htm

ところで、奥様は、体調が戻れば、ご実家に戻られるのですね。
ローン控除の対象とした家屋に住んでいない年についてはローン控除は受けられません。対象家屋に戻ったときに、税額控除期間が残っていれば、その残っている期間について税額控除を再開できるとの規定ですが、この点は大丈夫ですか？

ローン控除の件で夫と別居していた妻が夫と同居と言うことになれば、一般的な考えとして、ご実家に戻る可能性はないように考えます。
ご相談者様のケースはレアケースかと思いますので、税務署の確認がある可能性はあるかと考えます。

　家屋の所有者が、転勤等のやむを得ない事情により、その住宅の取得等の日から6か月以内にその者の居住の用に供することができない場合や年末まで引き続き居住することができない場合もあります。
 このような場合であっても、一定の要件を満たす場合に限り、住宅借入金等特別控除等の適用を受けることができます。

No.1234 転勤と住宅借入金等特別控除等
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1234.htm

>>富樫修一様
回答ありがとうございます。
引用していただいた通達は、私も国税庁のHPを確認しておりましたので、存じ上げております。
転地療養、がいまいちピンときておらず
妻のようなケースでも、適用となるのかが不明でした。
適用となると思う、とのお言葉、ありがとうございます。
特に提出書類の明記が国税庁HPには、なかったように思うのですが(家族と共に入居しなくなる場合のものしか見つけられませんでした)
もしご存知であれば、必要書類等、お教えいただきたいです。



>>南吉彦様
回答ありがとうございます。
不明、と仰られている部分について
私の転勤との直接的な関係はないですが
職場や妻の実家から、干渉を受けない環境に身を移すことが療養となるため
今回、私の転勤についてくることで、それが実現できると考えています。
が、それは転地療養とはならないのでしょうか？

仰られておられる書類や規定について
それは、家族も一緒に居住しなくなった場合のものかと思います。
義実家自体は、今まで通り義父や義母が居住するので
適用されるのであれば、単身赴任等の場合、のものだと思っていたのですが、違うのでしょうか？

確かに、レアケースだとは思っております。
一度、管轄の税務署に相談をしに行った方が良いのでしょうか……？

通達には、必要書類等の記載がないので、文言のとおり、特別の事情があれば、問題ないと思います。意図的な不正が無ければの前提ですが。
詳細な事実関係がわかりませんので、正確には、税務署にご確認ください