年末調整還付が少ない

　説明します

還付金額は正しいと思われます。要因は
　①ローン控除による還付金はコーン控除が無かったとし場合の「所得税額」が上限であるということと、
　②会社の「年末調整」おける還付金額は、事前に預かった所得税（源泉所得税＝徴収税額）と年末調整で計算した所得税（年調年税額）との差額を還付するということ、
　③ローン控除1年目は必ず確定申告によるので、「②」での還付金額には1年目のローン控除は加味されないことによります。

【検算】　
　前提として、貴方の年収が約50万円減少しているので、毎月の給与や賞与で徴収した所得税（徴収税額）が、令和1年は217,696円から令和2年は123,461円と減少していることを確認してください。
１　 住宅ローンが無いとした時の「年調年税額」
　　　※　年収の減少から税率も１０％から５％となっています。
　　　令和1年　 153,500円
　　　令和2年　　96,900円
２　住宅ローン控除が無いとした時の、会社からの還付金額
　　　令和1年　　217,946円　-　153,500円　＝　64,446円
　　　令和2年　　123,461円　-　96,900円　 ＝ 26,561円
３　住宅ローン還付額
　　　令和1年　 　153,000円
　　　令和2年　　　96,900円　(所得税額が上限のため）
４　令和２年の還付額
　　　26,561円　+　96,900円　＝　123,461円　
　　会社の還付金額と合致します。

　　参考にしてください。

先生のご回答、とても分かりやすく、やっと理解できました！！
５０万年収が下がるとこんなにも支払う税金も違うのですね。。
数字で見てみないとわからないものですね。
ありがとうございました。

ベストアンサーをありがとうございます。

　ご理解いただけて幸甚です。
　なお、住宅ローン控除額については、多分控除しきれなかった額があると推察されます。
　控除額の残額がある場合は令和3年分の「住民税」で調整されますので、念のためお伝えいたします。

ご丁寧にありがとうございます。

住宅ローン控除は年末残高の１%というものでしょうか？

残高が3000万ほどありますので、30万ということですよね？
その30万から、96900円を引いた額が、
住民税から控除されるということでしょうか？

回答します

　控除される金額については、年末調整で記載した「住宅借入金等特別控除申告書」の計算書をみないとはっきりは言えません。すみません。
　なお、「源泉徴収票」の（摘要）欄の下あたりに控除の対象金額が記載されています。
　原則は、御理解のとおり
　住宅借入等特別控除額の対象金額　-　96,900円＝　残額　が住民税で控除される金額です。（一部例外もあります。説明は割愛させていただきます）

　「総務省」HPの説明箇所を添付します。なお、特に手続きは必要ありません。参考にしてください。
https://www.soumu.go.jp/main_sosiki/jichi_zeisei/czaisei/czaisei_seido/090929.html