さかのぼって住宅ローン控除を申請したいです

回答します

　2016年の還付申告の時効は2020年12月31日になります。（還付申告は1月1日から申告できるため）
　ただし、2017年からは時効前ですので、念のため2016年からの関係資料をお持ちになり税務署で申告書の作成・提出をしてください。

　「年末残高証明書」は、各年分の残高が必要になりますので各年分お持ちください。
　その他売買契約書等のコピーや住民票は1部、源泉徴収票は各年分をお持ちください。

相談者様はフリーランスとのことですが、確定申告自体はされているのではないでしょうか。
その場合、住宅を取得した事業所得者等が、住宅ローン控除の適用を受けないで確定申告をしていた場合、更正の請求により、遡って適用を受けることができるか否かということになります。
更正の請求の対象にはならないというのが一般論ですが、課税庁がやむを得ない事情があると認めた場合には、更正の請求により適用を受けられます（以外に、このような取り扱いをされる事例が幾つかあります）。
まずは、所轄の税務署に相談されるのがよろしいかと思われます。

国税不服審判所ＨＰ　更正の請求で、住宅借入金等特別控除の適用を求めることはできないとした事例（平成19年2月19日裁決・裁事73集1頁）
https://www.kfs.go.jp/service/JP/73/01/index.html

米森まつ美様

ご回答ありがとうございます。
承知いたしました。

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中島吉央様

ご回答ありがとうございます。

確定申告しています。

なるほど。そもそも遡って控除ができるかどうかわからないってことなんですね。
それ相応の理由が必要ということなんでしょうか？

まず、状況を説明して聞いてみるということですね。
ありがとうございます。

　返信が遅くなり申し訳ございません。
　いずれにしても事前に税務署の連絡を取られた上で、必要書類や個別相談の予約を取られた上で、税務署に行かれることをお勧めいたします。