社員から請負に変わった場合の手続きなど

まず始めに、実態として雇用契約（給与所得）から、請負契約（事業所得）に本当に変えられるかどうかが重要なポイントになります。
実務上の取扱いとしましては、国税側は、単に請負契約書があるというだけでは簡単には事業所得者とは判断しません。
実態は雇用契約と同様の従業員に対して、請負という形にして外注費等で処理することにより、支払う会社の側では源泉所得税の徴収を免れたり、消費税を仕入れ控除したりすることがあるからです。

請負契約とは「仕事の完成」を目的とする契約で、
① 会社から指揮・命令を受けていない。
② 外注先が自己の判断と責任で業務を行っている。
③ 勤務場所、勤務時間に関する定めがない
④ 仕事に必要な材料、道具などは外注先が独自に用意している。
⑤ 時給、日給などの時間を単位とした計算ではなく外注先が自ら報酬を計算している
⑥ 外注先から請求書が発行されている。
などということが前提となります。

それらをクリアして請負契約が成立していることを前提に考えますと、相談者様のおっしゃる通り、個人事業主に該当することとなります。節税メリットを考えれば、青色申告する方が有利となりますので、「個人事業の開業届」を出した上で、「青色申告承認申請書」を提出するのが宜しいかと考えます。その場合、複式簿記に基づいた帳簿の作成が必要となります。
なお、白色申告の場合でも平成26年1月から記帳と帳簿書類の保存が必要となりますのでご留意ください。
下記サイトをご参照頂ければと思います。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/kojin_jigyo/index.htm
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/04.htm
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2070.htm

宜しくお願いします。