法人の予定納税について

2期の決算が1期目黒字→2期目赤字の場合、予定納税で納めた税金は全額還付でしょうか？

→予定納税とはその事業年度の法人税の仮払い的なものですから、確定申告が赤字で法人税額が0円であれば予定納税額は全額還付されます。

これは会社員でいう年末調整のような意味合いでしょうか？

→源泉徴収税額が所得税の前払いで年末調整で精算するという点では似たようなものです。

また、この場合前年度納めた税金の還付も受けられると思いますが税務調査の可能性が高くなると聞きます。

→誰から聞いたのですか？欠損金を繰り越さずに繰り戻し還付を請求すれば納付済みの税金を還付することになるので、税務署としては当然に厳正に審査はするでしょうが、それを以て税務調査の可能性が高くなるということは聞いたことがありません。
仮に税務調査があったとしても、正しい繰り戻し還付であれば何も怖れることはないと思いますが。

前年度納めた税金の還付と、今年度納めた予定納税の還付はまったく別物でしょうか？

→先にも記載しました通り、予定納税はその事業年度の法人税の仮払いであり、繰り戻し還付は前事業年度の黒字とその事業年度の赤字を通算して前事業年度の法人税の一部の還付を受けるものですから、別物です。
法人税というのは基本的に事業年度毎で完結するものなので、その事業年度の税金と前事業年度の税金という違いです。