給与所得控除について

確定申告でも給与所得控除は引かれます。（55万円が二重に控除される訳ではありません。）
確定申告書第一表の㋔が収入金額、⑥が給与所得控除後の金額です。

本業パートと副業個人事業主の収入を足した金額から、確定申告する際に給与所得控除の55万は引かれるということであっていますか？

給与所得控除は給与収入のみからの控除なので間違えています。

給与収入は、本業の方が給与収入に当たると思うのですが、控除されないのですか？

本業の収入が100万で、そこから55万を引いて、45万。
この45万に副業の120万を足して165万。
この165万が私の所得額になるということでしょうか？

この165万をベースに、所得税の計算が行われるということでしょうか？

➀給与収入100万円－給与所得控除55万円＝給与所得45万円
➁事業収入又は雑所得収入120万円－必要経費＝事業所得又は雑所得
③所得金額合計➀＋➁
➃生命保険料控除、社会保険料控除などの人的控除＋基礎控除48万円
⑤課税所得金額③－➃
⑥⑤×所得税及び復興特別所得税率5.105％＝所得税及び復興特別所得税の額
⑦⑥－源泉徴収税額＝申告納税額
確定申告書第1表を左側の上から埋めていけばわかります。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/yoshiki/01/shinkokusho/pdf/r05/01.pdf
確定申告書の様式、手引きも貼り付けておきますのでご確認ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/syotoku/r05.htm

ありがとうございます！
この計算で当てはめた場合、

①45万
②120万(経費などを引かない場合)
③165万
④48万(基礎控除のみ)
⑤113万
⑥57,686円(納税額)
ということになりますでしょうか？
ここから私が納めた納税額を引けば、還付されるか追税するか分かりますね。

あと、私は小学生の子供一人を育てるひとり親なのですが、寡婦控除？ひとり親控除は、この計算に適用されるのでしょうか？

申し訳ありませんが個別の計算の精査は致しかねます。
寡婦なのかひとり親なのかわかりませんが、寡婦控除又はひとり親控除は適用されます。
先ほどから、必要な確定申告に関する国税庁のリンクを添付しておりますので、先ずはご自身で確定申告書を作成してください。
どうしても出来ないのであれば税務署が開催する確定申告相談会場でご相談ください。