確定申告していなかった数年分

　修正申告（又は期限後申告）の納税額に対して、加算税が計算されるので、納税額がゼロの場合は、加算税はかかりません。
　ただ、それ以前に修正申告であれば、納税額が生じない場合には修正申告をすることができません。（国税通則法19）

「ただ、それ以前に修正申告であれば、納税額が生じない場合には修正申告をすることができません。（国税通則法19）」

ということは修正申告が出来ない＝しなくてよい。
来年度分から控除があって納税額が0円でも申告していけばよいでしょうか？

　当初からの申告はすることができます。今回の場合も、期限後申告であれば、することができます。
　なお、55万円の青色申告控除などの特例は、期限内申告をすることが要件になっていますので、期限後申告で新たに使うことはできません。
　給与所得の年末調整で住宅ローン控除を引いて、まだ引ききれなかった場合は、不動産所得を合算したうえで、申告で追加の住宅ローン控除を受けることになります。