副業赤字。本業でふるさと納税。

①赤字で確定申告をしなくても、ふるさと納税は適用されるのでしょうか？

ふるさと納税には確定申告を必要としない「ワンストップ特例制度」があります。この制度を利用することで、確定申告をしなくとも、ふるさと納税の控除を受けることができます。質問者様は既にこの制度を活用して申告を済ませているとのことなので、確定申告を行わなくても控除は適用されます。ただし、確定申告が必要な場合はワンストップ特例制度が適用されませんので注意が必要です。

②赤字で確定申告をしなくても、会社にバレないのでしょうか？

副業が赤字で、確定申告をしない場合、原則として会社に副業がバレる可能性は低いです。確定申告をしなければ、副業に関する情報が住民税の計算に影響することはなく、住民税の通知を通じて会社に知られることもありません。ただし、会社自身や第三者（税務署など）を通じて会社が副業の事実を知ることがないという保証はありません。

③ 赤字で確定申告をした場合、住民税は普通徴収にチェックを入れ、後日ふるさと納税を再度申請すれば、会社にバレないのでしょうか？

確定申告をして、副業の所得が明らかにされた場合、住民税の「普通徴収」を選択することにより、住民税の納付が特別徴収（給与からの天引き）ではなく自身で支払う形になり、会社に知らせることなく納税できます。ただし、確定申告を行った場合は「ワンストップ特例制度」が適用されなくなるため、ふるさと納税に関しても確定申告での控除適用が必要になります。ふるさと納税分を確定申告により申告し、普通徴収を選択することで住民税の会社への通知を回避することが可能です。しかし、地方自治体によっては普通徴収が選択できない場合もありますので、事前に確認が必要です。

副業が会社にバレるのを完全に回避することは非常に困難ですが、以上の措置を講ずることでリスクを軽減することができます。

迅速なご回答ありがとうございました！