相続人2人が別の税理士を依頼できる？

もちろん別々の税理士がそれぞれの申告書を作成することは問題ありません。
ただしどちらかの申告内容に誤りがあれば、当然、税務署に指摘されます。

結論から申し上げますと、単独登記型の換価分割であっても、売却代金を遺産分割協議書に基づき実際に分割し、各相続人が譲渡所得を適正に申告すれば、それぞれが空き家特例の適用を検討することは可能です。
ただし、登記名義が一人の場合でも、実際の経済的利益は相続分に応じて分割された事実が重要です。
税理士については、当然ながら各相続人がそれぞれ異なる税理士に依頼して問題ありません。
ただし申告内容の整合性が取れないと税務上の指摘を受ける可能性があるため、分割協議書と資金の流れを明確にし、双方の税理士間で最低限の情報共有を行うことをおすすめいたします。

具体的なご説明をいただきありがとうございました。
特例の適用については、売却代金の資金が遺産分割協議書の定めどおりに分割された事実が大切なんですね。
また、別々の税理士に依頼する場合は、双方の申告内容の整合性が取れていることが必要であることがよく分かりました。
ありがとうございました。