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特定口座の株の譲渡所得。取得費用を加算したいからと確定申告すると、総所得が増えてしまう?

事業所得と給与所得があり、毎年確定申告をしています。
R7年に相続した株を売却し、1千万を超える譲渡所得がありました。
特定口座で売却したので譲渡所得税は既に天引きされていますが、
相続時に相続税を15万ほど払ったので、確定申告の際に譲渡所得を申告して相続税を費用に加えると、3万円ほどの還付金があると聞きました。
実際にe-taxで譲渡所得の申告を入力してみたら、確かに還付金は生じるけれども、所得に譲渡所得が加算されてしまい、基礎控除がさがってしまいました。
●質問1,基礎控除が下がったら、所得税と住民税が増えてしまいますよね。譲渡所得に関しては既に源泉徴収されているのに二重取りだと思いますが、そういう仕組みになっているという理解で合っていますか。
●質問2,譲渡所得を申告すると、自治体の児童育成手当などの所得制限の計算上も不利になるでしょうか。
●質問3,譲渡所得は、特定口座を使っていれば原則として申告不要だと思いますが、申告しなかったら総所得に加算されず、申告したら総所得に加算されてしまうのでしょうか。ちょっとおかしいように思いますが、そういう仕組みなのでしょうか。

税理士の回答

特定口座(源泉徴収有)の所得は、源泉徴収により納税が済んでいるため、確定申告は不要です。確定申告不要制度を選択した場合には、基礎控除等を算定する所得金額には含まれないという制度になっています。

ご理解のとおり、仮に、この所得を申告すると、申告しない場合に比べ、所得金額は増えるという仕組みになっています。増えた所得を基に税額が計算されますが、既に納税した源泉徴収税額は控除できます。


本投稿は、2026年02月02日 00時06分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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