マレーシア在住の場合、日本のAmazon販売売上の確定申告はどこで行うのか

インボイス登録をすれば、日本の消費税の申告納税義務が生じます。
インボイス登録しないのなら、課税売上の金額が数百万円で今後も推移するなら、１千万円以下ですので消費税は免税で申告義務もありません。

商品政策、Amazonの納品、顧客への対応を依頼する日本の会社がPEとみなされる場合は、日本の法人税等の申告納税義務が発生します。

マレーシアの税制はマレーシアの専門家にお尋ねください。

お世話になります。

ご質問に対する回答）
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「開業届と青色申告申請をする予定...」とのことですが、その前に、以下の点について、いま一度慎重にご検討のうえ準備されることをおすすめ致します。
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補足）
インターネット通信販売事業における恒久的施設（支店PEや代理人PE）の有無について判定する必要があります。前提の「商品制作(工場)、Amazonの納品(発送代行)、顧客への対応などは日本の居住者や日本の会社に依頼...」とのことですと、PE判定につき微妙な事実認定の問題が絡みますので、断定しづらいです。
参考資料：
https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/kenkyu/backnumber/journal/28/pdf/04.pdf

一時帰国中に開業届と青色申告申請をする予定でしたら、おそらくご実家や納税管理人の管轄税務署だと思いますが、そのときに念のため税務署とも相談したうえ最終判断すると、少しは安心できると考えます。

個人的には、質問者さまの前提（状況や取引規模など）では、PE有りと判断して、日本の国内源泉所得として申告しても税務上大きな問題にはなりづらいとは考えますが、毎年継続するでしょうから上記の対応をおすすめ致します。


なお、マレーシアの税制や外国人制度につきましては、現地国の税務相談サービスや専門家にご確認ください。


他の方のアドバイスも参考になさってください。少しでもご参考になれば幸いです。