障害者控除受けていますが、会社に知られたくないのですがどうしたらいいでしょうか？

単に伝えず、年末調整を受ける。ただ、ご自身で年末調整された源泉徴収票を基に、確定申告をし、障碍者控除を受ける、といった手間が増えることになりますね。この負担は構わないのであれば、伝えなくても特に税務上の影響は少なくともありません。

年末調整時に障害者控除をせず確定申告で同控除をしましても、その後に市町村から勤務先に送付される「住民税の特別徴収税額決定通知書」の記載内容から会社に知られることが考えられます。
この通知書は事業者用と本人用の二種類があり、本人用には所得の内訳や控除の明細が記載されております。そして、事業者用と本人用は一緒に事業者(会社)に送付されることになっています。
最近は本人用の通知書にシール貼付などの秘匿措置をとる市町村もあるようですが、相談者様のお住まいの市町村がその措置をしていないと、会場に控除内容を知られる可能性があります。
従って、まずは、お住まいの市町村に上記の秘匿措置をとっているかを確認し、万一、とっていない場合には秘匿措置を強くお願いするかことが必要になります。

捕捉致します。
上記の確認とお願いを市町村にした上で、扶養控除申告書には障害者であることは記載せず(年末調整では障害者控除をせず)、確定申告で障害者控除をされると良いと考えます。

ご丁寧にご回答いただきありがとうございます。
年末調整ではなく確定申告をしたうえで、市町村に秘匿措置をお願いしてみようと思います。助かりました。