山林や耕作放棄地等にメガソーラーを設置すると固定資産税はどうなる？

個人で設置すれば、事業所得に該当すると考えます。
太陽光での収入から、
維持費等の固定費、損害保険料、固定資産税、減価償却費などの経費を控除した残額が利益になり、利益に税金が課税されます。
よくある間違いは、借入金の返済元本は経費にはならないということです。
キャッシュは残らず、利益は出るという形になり、税金を払うお金に困ることがないようにしっかり計画されることをお勧めします。

法人で設置するのであれば、法人税の課税対象になります。

固定資産税の評価そのものもあがってしまいますか？

その評価は市町村で行いますので、どのくらいかは答えるのは難しいですが、地目が変わりますので、上がると思います。