副業でマイナスですが、納税済みの給与所得があると課税されるのでしょうか？

雑所得は他の所得とは、損益通算はできませんが、事業所得の赤字は、他の所得と損益通算はできます。

会社からの給与を会計ソフトに記入すると所得金額（カ）（6）の項目に入り、
その中から副業分のマイナスが引かれて、残った額にさらに課税されています。
（源泉徴収金額も記入しています）
副業である事業所得が赤の場合、所得税は0ではないのでしょうか。
本業の給与は会社が全て納税処理していますし…これだと申告することによって
本業の給与にまで所得税がさらにかかることになってしまいます。
記入方法が間違っているのか、それとも総所得に対して税率が変わっているとかなのでしょうか？

赤字を出してからの青色申告は今年が初めてです。初歩的な質問で申し訳ありません。

副業所得が赤字であれば、給与所得(年末調整済み)と損益通算すれば、還付申告になると考えます。