海外の企業から給与支給がある日本居住者です。確定申告時に控除できる範囲は？

話しを整理しますと、給与は2ヶ所から受けて、その他に輸出ビジネスを行うと言うことでよろしいでしょうか？
それであれば、給与所得と事業所得に分けて申告することとなり、事業所得に関しては個人の開業届け等が必要になると思います。
お問い合わせの控除の件は年末調整と同様に確定申告で控除が出来るものと考えられます。
お問い合わせ内容と食い違いがありましたら、申し訳ありません。

首藤様、ご回答ありがとうございます。
基本的に個人事業主と個人の違いがよくわかっていなかったのですが、要するに個人事業主の場合は控除というより、原価として色々(売り上げ)から差し引いて残り収入とすることができるが、個人の場合はそれができず決まった控除しか引けないという認識でよろしいでしょうか？

確定申告書を見ていただきますと分かり安いと思うのですが、まず事業所得は売上から必要経費を差し引いて算出します。
(例)
売上1,000万円－必要経費500万円＝500万円(事業に係る所得金額)
給与100万円－給与収入にかかる必要経費65万円＝35万円(給与に係る所得金額)
※給与収入に係る必要経費の額は給与の支給額に応じて定められています。(給与所得控除で検索したら当該表が出てくると思います。)
上記の計算式より500万円＋35万円＝535万円(この金額が所得金額となります)
この所得金額から、社会保険料控除や、生命保険控除、扶養控除、基礎控除等を差し引きます。
仮に諸控除等はなく基礎控除のみ(基礎控除は自分の控除と考えてください)で計算しますと535万円－38万円＝497万円
この497万円に対して税率をかけます。
497万円×20%－427,500円＝566,500円(所得税の速算表で検索してもらえれば、この計算式は出てくると思います。)
この金額に復興特別所得税率1.021を乗じたら年税額が算出されます。
かなり分かりずらくなってしまいましたが、まずは事業の所得金額と給与の所得金額を各々計算し、それを合算した上で、年末調整と同じような控除額を差し引いて税金を算出すると言うことになります。
本当に説明が下手で申し訳ありません。