確定申告を必要としない2箇所以上の給与所得について住民税の算出方法を教えてください。

①その際、住民税は本業の所得のみで算出し、本業の会社にはこの額のみが報告されるのですか？

残念ながら、原則、副業も給与所得の場合、副業分の住民税と合わせて会社に特別徴収の通知がなされます。

②また、①だけではアルバイト収入分の住民税が脱税となってしまうため、個人で役所に住民税の申告をしなければなりませんか？（バレるリスクを最小限にするには普通徴収を選択）

いわゆる20万円以下申告不要ルールは所得税の規定ですので、住民税は申告しなければなりません。
また、副業も給与所得の場合、原則、普通徴収を選択できません。

③アルバイトのほうでも源泉徴収されているが、確定申告の必要がなければ本業の会社にバレることはありませんか？

副業の源泉徴収でバレることはありませんが、先に述べたように、普通徴収は選択できませんので会社にバレる可能性があります。
なお、副業が源泉徴収されているのであれば、所得税申告をすることにより還付される可能性があります。

市町村によっては、副業が給与所得でも特別徴収を選択できるところもあると聞いていますので、問い合わせてみてはいかがでしょうか。

短時間でのご回答および丁寧なご説明、ありがとうございました。
市区町村に問い合わせてみます。