給料手渡し、歩合制の仕事の申告について

ご相談者様の場合、まずは、給料（＝給与所得）なのか、報酬（＝事業所得）なのかを明確にすることが必要となります。そしてこのようなケースが税務上よく問題になります。

「給与所得」か「事業所得」かに関しましては、一般的に次のように判断します。
◯給与所得となる場合
・雇用契約が存在する（必ずしも書面による契約とは限りません）。
・使用者の指揮命令に従う。
・使用者から時間的な拘束を受ける。
・職務上の費用が使用者の負担となる。
◯事業所得となる場合
・自己責任で行われている（出来高制など報酬が成果で定められている、必要な費用は自分で負担している）
・営利性がある。
・反復継続している。

給料（給与所得）であれば、会社（お店）で年末調整をしてくれますので、通常は確定申告の必要はありません。また、年末に「給与所得の源泉徴収票」というものが会社（お店）から発行されます。

報酬（事業所得）の場合には、個人事業主として確定申告することになります。
その際、交通費のほか、その報酬を得るために支出した金額は経費として計上できます。
また、税金等が差し引かれているとのことですので、通常であれば年末（または年明け）に「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」が会社（お店）から発行されます。
その書類には1年間に支払われた報酬の合計額と、差し引かれた所得税の金額が記載されていますので、その金額を基に確定申告することになります。
ただし、支払調書については申し出ないと発行してくれないこともございますので、会社（お店）に支払調書を発行してもらえるのかどうか、事前に確認することをお勧めいたします。