青色申告　仕入れ値を下回った場合はどうすればいいですか？

原価を割れて販売した場合でも、仕入れは、(仕入高)、売上は、(売上高)の仕訳で良いと考えます。

商品を原価割れで安く売ったり廃棄処分した場合は、以下の様に仕訳することになると思います。
1.原価割れ
(現金預金)xxxx (売上)xxxx
(仕入)xxxx　(商品)xxxx
2.商品を廃棄した時
(商品廃棄損又は雑損失)xxxx (商品)xxxx
なお、原価割れで売っ場合や商品を廃棄した時は、在庫帳や帳簿に記録しておくとよいと思います。

事例を用いて説明します。
前提として1,000円の商品を仕入れたとします。
この時、仕訳は（仕入）1,000円（現預金）1,000円
その後、原価割れ900円で売却した場合
仕訳は（現預金）900円（売上）900円
決算時に売上900円-仕入原価1,000円＝-100円として計上されます。
また、廃棄処分した場合
仕訳は（廃棄損）1,000円（仕入）1,000円
決算時に売上0円-廃棄損1,000円＝-1,000円として計上されます。
残しておく書類は請求書、領収書、マニフェスト伝票など取引を証明する書類を7年間保管する必要があります。