退職時の源泉徴収票を、転職先に提出し忘れ年末調整

１　A社の昨年の給与
　　年末調整されていないのであれば、確定申告することになります。
　　源泉徴収票をなくしたのであれば、再発行してもらうことになります。
２　A社の今年の給与
　　A社の源泉徴収票を再発行してもらって、A社とB社の分を併せて確定申告することになります。追加の納税額が発生する可能性がありますが、内容によっては還付になることも考えられます。
　再発行が受けられない場合は最悪税務署からの指摘を待つということも考えられます（指摘がないかもしれません）。A、B社の給与所得の内容の情報は、A、B社　⇒　納税者の住所地の市区町村　⇒　納税者の所轄税務署　と伝わると考えられますので、追加納付が必要なら、税務署から連絡があると思われます。
　A社の今年の給与がなければ、なにもする必要はありません。

年末調整の終わっているＢ社源泉徴収票と、年頭に送付されてきたＡ社源泉徴収票を所持している場合、厳密に「２ヵ所から給与支払いを得た」事になるので、e-taxによる電子申告の確定申告書は作成できなくなるんでしょうか？

今回の場合は、Ａ・Ｂどちらの申告書をチョイスしたら良いのでしょうか？
また、まとめて、医療費控除や株の配当金控除(総合課税選択)を記載させたいと思っています。

年頭に送られてきたA社の源泉徴収票の上部欄外の平成　　年分を先ず確認して下さい。平成31年分になっていますでしょうか。平成31年分となっていればB社分と併せて2箇所ということになります。
　e-taxは、給与が2箇所でも3箇所でも使用できます。また、医療費控除や配当控除にも対応していますので、A様式で完結できます。
　なお、A社の源泉徴収票が平成30年分となっている場合は、給与2箇所とはなりませんのでB社と合せて確定申告できません。