確定申告について

本業と副業を合わせた課税所得金額に対する所得税から本業の給与所得からすでに源泉徴収されている所得税を引いていますでしょうか。

年末調整の源泉徴収票の項目で、源泉徴収徴収額を入力していますが、そちらのことでしょうか？

はい。その源泉徴収税額になります。入力をされていれば問題ないと思います。他に、年末調整で控除されている所得控除等は入力がされていますか。

はい。
社会保険料や地震保険料等入力済です。

入力漏れはないようですが、なぜ追加納税になるのかは検証してみないと断定できませんが、以下の様な要因が考えられると思います。
1.本業の方の年末調整が正しく行われていない？
2.副業の所得を加算したために、所得税の税率が上がった？

そうなんですね。
ご丁寧にご回答ありがとうございました。