妻が私の名義の通帳を使って副業していました

奥様の所得として、確定申告して頂くことになるかと存じます。
事業や資産から収益を得たとされる人が単なる法律上の名義人であって、実質的にはその名義人以外の人が収益を得ている場合には、法律上の名義人ではなく実質的に収益を得ている人に対して所得税が課税されます。これを「実質所得者課税の原則」といいます。
よって、単に名義を使われた側（本件に関してはご質問者様）が課税されるのではなく、実質的に収益を享受する側（本件に関しては奥様）が課税されることとなります。
今後、取引口座名が変更できるのであれば、変更されたらよろしいかと存じます。

参考条文等
所得税法第十二条
資産又は事業から生ずる収益の法律上帰属するとみられる者が単なる名義人であつて、その収益を享受せず、その者以外の者がその収益を享受する場合には、その収益は、これを享受する者に帰属するものとして、この法律の規定を適用する。
所得税法第十二条通達12－5（親族間における事業主の判定）
生計を一にしている親族間における事業（農業を除く。以下この項において同じ。）の事業主がだれであるかの判定をする場合には、その事業の経営方針の決定につき支配的影響力を有すると認められる者が当該事業の事業主に該当するものと推定する。

お返事ありがとうございます。
大変勉強になり、助かりました。
ご質問なんですが、ご説明にありました内容で、『事業や資産から収益を得たとされる人が単なる法律上の名義人であって、実質的にはその名義人以外の人が収益を得ている場合には、法律上の名義人ではなく実質的に収益を得ている人に対して所得税が課税されます。』ということで、これを税務署の方に質問の内容にあった、名義が違った経緯と理由を説明したら、妻の所得して認めて頂けますか？
また、証明するのに対しては、上記の理由を説明するだけでよろしいでしょうか？
重ね重ね、質問しましたが、よろしくお願いします

ご質問にありました名義が違った経緯を説明頂ければ、その事業の経営方針の決定につき、支配的影響力を有すると認められる者が奥様であると認めていただけるかと存じます。
できる限りご本人の口座に入金される形が望ましいですが、難しいようでしたら、売上の入金額と同額を奥様名義の口座に振り込んで頂き、奥様の所得として通帳に記帳される形で区分することもご検討頂ければと存じます。

お返事ありがとうございます。
妻がやっているので、支配的影響力を有するんですが、証明としては、経緯を説明するということで大丈夫でしょうか？
また、今から私の通帳から、妻の通帳に振り込むとよう作業でよろしいでしょうか？
妻が私名義の通帳を生活のため管理しているので、使用で使っていた分は、引き落としているようですが、メルカリの売り上げ合計金に対して、残高が足りない場合は、妻名義の通帳に振り込む額はどうなるでしょうか？
質問が多くてすいません、よろしくお願いします

ご質問にある経緯を説明できれば十分かと存じます。
過去の入金に関しましては、ご家族の生活のために使用されているかと存じますので振込は不要かと存じます。
課税自体はあくまで実質所得者課税の原則により、奥様に課税されますので、振込行為自体は課税に影響を及ぼすものではないと考えます。上記ご提案は、奥様の収入として区分することで税務署に実質所得者が奥様であることを説明する際の一つの資料とすることができるかと存じますので、今後の売上金額からの対応で十分かと考えます。

お返事ありがとうございます。
ご丁寧な説明ありがとうございます。
税務署には、確認のため、経緯を説明さえすれば、証明に必要なものは特になしいう解釈でよろしかったですね？

併せてなんですが、経緯についての説明は、事前に税務署に相談した方がいいですか？
また、確定申告のときに2月、3月くらいの時でよろしいですか？
御多忙の中、すいませんが、よろしくお願いします。

ご質問にある経緯の説明だけで十分かと存じます。また、税務署への事前の相談までは不要かと存じますが、ご質問者様が、気になるようでしたら事前に税務署にご相談に行かれるのも宜しいかと思います。確定申告時期の２、３月ですと税務署も込み合う可能性もございますので２月、３月よりも前にご相談に行かれることをおすすめします。

お返事ありがとうございます。
大変勉強になりました。
さっそく明日税務署に経緯を説明して、確認しに行ってみようと思います。
最後に質問なんですが、経緯だけの説明だけで、税務署が納得、理解してくれるという解釈で良かったですね？
重ね重ねよろしくお願いします。