給与所得が2箇所からあります。副業のほうで年末調整されてしまった場合について教えてください。

本来は、扶養控除等申告書の提出ができない方は、年末調整の対象にはなりません。間違いで年末調整がされてしまったのだと思います。その場合でも確定申告は必要になります。相談者様の市区町村が副業の所得が給与所得の場合でも普通徴収が選択できるのであれば、確定申告をして副業の所得の住民税の納付を自分で納付(普通徴収)を選択すればよいと思います。

ご回答ありがとうございます。
わたしが住んでいる市区町は副業の給与所得を普通徴収としてくれるので大丈夫だと思います。
そもそもですが2箇所で年末調整することは可能なんでしょうか？副業のほうが手続きが早く、正社員のほうがそのせいで年末調整できないことはありますか？まだ正社員の方からは還付も徴収もありません。

年末調整ができるのは、扶養控除等申告書(1か所にしか提出できない)の提出がされた場合になります。提出できない方は、乙蘭扱いになり年末調整はできず、確定申告の対象になります。

本業の方には間違いなく扶養控除等申請書を提出した記憶があります。（生命保険料控除等の書類があるため）
副業のほうには提出していないのに間違いで年末調整されてしまうことがあるという認識でよろしいでしょうか？
副業の会社に、年末調整の取り消しはできないと言われましたが、1月31日までは会社のほうで年末調整の訂正ができるのではないかと思っていますが間違えた認識でしょうか？還付金を支払ったあとは会社のほうでは訂正すらできないのでしょうか？
副業の会社で何かやってもらうことはあきらめ自ら確定申告すれば、問題ないでしょうか？
お忙しい中申し訳ありませんが、ご回答お待ちしております。

給与担当者間違えば、あり得ることだと思います。しかし、年末調整のやり直しは可能だと思います。仮に訂正が可能だとしても、乙蘭の分を甲蘭の分と合わせて確定申告することに変わりはないと思います。

確定申告をする前に市役所に行き、事情を話したほうがよいでしょうか？
副業がバレたら就業規則違反で本業はクビになってしまうと思うので、できることはしたいと思っています。

市区町村には、事前に事情を話して普通徴収の件を確認されておいた方が良いと思います。

お忙しい中何回もご回答ありがとうございました。大変参考になりました。