投資信託の運用益で出た確定申告について
昨年、投資信託を売却した際に運用益が出たので確定申告を行っているところです。
一般口座と特定口座を併用していたのですが、双方の口座でプラスが出たので、一般口座のプラスを対象に納税の必要が生じるため「国税庁 確定申告書等作成コーナー」にて入力を進めておりました。ところが、入力し終わり、自動計算による納税額欄を見たところ、ゼロと出てしまいました。理由としては一般口座のみでは運用益が20万に満たないからだと思いました。そのため、特定口座と一般口座の両方を申告する必要がありそうだと思い、(双方では30万をオーバーするので)両方を入力したところ納税額がマイナス(逆に還付される)になって出てきました。過去に損失を出したわけでもないため、損益通算には該当しないかと思い、この状況で還付を受けられるケースは有り得るのでしょうか。有り得ないようであれば、入力を間違えてると考えられるため、見直そうと思います。
状況を纏めると以下になります。
◯会社では源泉徴収済み、源泉徴収票の内容は自動計算にて入力。
◯源泉徴収の中に住宅ローン減税も含む(こちらも源泉徴収済みだが、所得税が減税可能額に届かないため引ききれなくなっている)
◯投資信託のプラスの内容を入力
一般口座で10万、特定口座で20万
→結果、還付金額が約4万と出てしまいます。一般口座のプラス10万に2割の税金が掛かるため2万の納税が出るというのが自分の想定です。
税理士の回答

住宅借入金等特別控除が給与の源泉税額から引ききれなかったため、還付になったと思います。投資信託の源泉口座からは所得税が15%引かれるため20万円の15%を計算すると3万円が投資信託の所得税ですから、住宅借入金等特別控除額から引ける金額となり還付になります。
お忙しい中、御回答ありがとうございました。
お忙しい中、御回答ありがとうございました。
本投稿は、2021年02月14日 01時06分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。